Κατά την εφαρμογή της διευθέτησης και στα δύο συστήματα, ο εργαζόμενος έχει δικαίωμα να αρνηθεί την παροχή της επιπλέον εργασίας κατά την περίοδο αυξημένης απασχόλησης, εφόσον δεν μπορεί να την εκτελέσει και η άρνηση του αυτή δεν αντίκειται στην καλή πίστη. Η άρνηση του εργαζομένου να παράσχει την επιπλέον εργασία δεν συνιστά λόγο καταγγελίας της σύμβασης εργασίας του.

Επιπλέον, απαγορεύεται η καταγγελία της σύμβασης εργασίας για το λόγο ότι ο εργαζόμενος δεν υπέβαλε αίτημα για διευθέτηση του χρόνου εργασίας (αρθ. 59, Ν.4808/2021).

Όλες οι προστατευτικές διατάξεις για το χρόνο υποχρεωτικής ανάπαυσης (ημερήσια και εβδομαδιαία) των εργαζομένων θα πρέπει να τηρούνται και κατά την περίοδο αυξημένης απασχόλησης.

Τέλος, αν για οποιοδήποτε λόγο και ιδίως εξαιτίας παραίτησης ή απόλυσης του εργαζομένου, δεν εφαρμόζεται ή δεν ολοκληρώνεται η διευθέτηση του χρόνου εργασίας, έχουν πλήρη εφαρμογή όλες οι προστατευτικές διατάξεις που καθορίζουν τις συνέπειες της υπέρβασης του ημερήσιου και εβδομαδιαίου ωραρίου εργασίας.

Περαιτέρω, στην περίπτωση που εφαρμόζεται σύστημα διευθέτησης του χρόνου εργασίας  με ατομική συμφωνία και λυθεί η σύμβαση εργασίας του εργαζόμενου με οποιονδήποτε τρόπο (π.χ. καταγγελία της σύμβασης ή οικιοθελής αποχώρηση του εργαζόμενου) πριν την έναρξη της περιόδου μειωμένης απασχόλησης, ο εργαζόμενος δικαιούται, κατά τη λύση της σύμβασης, να λάβει αποζημίωση για τις επιπλέον ώρες που απασχολήθηκε κατά την περίοδο αυξημένης απασχόλησης, δηλ. αμοιβή για υπερεργασία και υπερωρία (αρθ. 59, Ν.4808/2021, Εγκ. 64597/03-09-2021).

Όλες οι ρυθμίσεις που αφορούν το σύστημα διευθέτησης του χρόνου εργασίας εφαρμόζονται και για τις εποχιακές επιχειρήσεις καθώς και για εργαζομένους με σύμβαση εργασίας διάρκειας μικρότερης του έτους.